2012年11月13日

通过DNA测序绘制MRSA爆发

根据发表在新的研究中,科学家首次使用DNA测序来有效追踪耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌(MRSA)的传播,并最终遏制爆发。 柳叶刀传染病.

该技术使研究人员能够比单独的传统感染控制技术更有效地定位和控制特殊护理婴儿病房(SCBU)中的MRSA爆发,从而带来了希望,将来,MRSA和其他有害细菌感染的管理可以常规使用DNA测序技术可以大大改善。

来自Wellcome Trust Sanger研究所,剑桥大学和剑桥大学医院的研究人员最初对一种MDNA分离株进行了DNA测序,称为全基因组测序。该MRSA分离株取自12名在2011年6个月内携带MRSA的婴儿。

当。。。的时候 最初,在医院工作的感染控制小组怀疑这些病例是相关的,但是无法使用常规方法来追踪和描述疾病暴发,也无法证明感染的传播方式和来源。为了阻止感染的传播,感染控制小组建议采取非殖民化治疗的标准措施,以从携带者中清除MRSA,并彻底清除发生感染的病房。

当科学家对这些MRSA分离株进行回顾性DNA测序时,他们能够确认MRSA菌株密切相关,因此所观察到的MRSA病例是其中的一部分。 。此外,通过扩大分析范围,包括来自父母和GP手术探访者的样本,他们能够确定疫情已扩散到社区,感染人数是先前怀疑的两倍。

虽然这 在发生这一情况时,医院感染控制小组在特殊护理婴儿病房中发现了新的MRSA携带病例,这是在最后一名MRSA阳性患者离开病房且病房已进行深层清洁后两个多月。研究人员使用快速DNA测序表明,新的MRSA病例与较早的爆发有关,导致他们假设医院的工作人员可能不知不觉地携带了几个月前鉴定出的MRSA菌株,从而使同一菌株得以感染。最初爆发和感染控制措施几个月后又有一名患者。

结果,对154名医护人员进行了MRSA筛查,发现其中一名工作人员携带与暴发有关的相同MRSA菌株。然后,对该工人进行了根除他们的MRSA运输的治疗,并控制了疫情。

英国剑桥惠康信托基金会桑格研究所的主要作者朱利安·帕克希尔(Julian Parkhill)教授说:“常规使用DNA测序可以比标准技术提早6个月检测到这种MRSA爆发,并且很可能可以预防MRSA引起的重大疾病和成本损失传播和随后的感染。MRSA的全基因组测序可能对 调查和实践,可以比目前更快地识别,跟踪和隔离疾病爆发。”

这是第一项实时将DNA测序与常规方法结合使用的研究,使科学家能够直接比较这两种方法,并了解将来如何将DNA测序与现有技术有效地结合使用。

剑桥大学的主要作者Sharon Peacock教授说:“在将该技术用于常规临床实践之前,我们将需要自动工具来解释序列数据并向医务工作者和没有专门测序知识的人们提供信息。” “我们目前正在开发这样的系统”。

美国旧金山大学的Binh Diep博士在链接评论中写道:“高通量全基因组测序的到来可能通过提供我们的能力的实质性进步来彻底改变暴发调查。区别 与传统分子方法相比。”

更多信息: 西蒙·R·哈里斯(Simon R.Harris),爱德华·J·P·卡特赖特(Edward J.P. Cartwright),埃斯特·特洛克(M.霍尔顿,尼古拉斯·M·布朗,阿曼达·奥格维·斯图尔特,马修·J·埃林顿,迈克尔·奎尔,斯蒂芬·D·本特利,朱利安·帕克希尔,沙龙·孔雀(2012)。 '利用全基因组测序分析耐甲氧西林金黄色葡萄球菌暴发的原因和影响:一项描述性研究' http://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(12)70268-2/abstract

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