2016年10月27日

研究小组宣布以3D模式绘制鼠标皮质

此处显示了来自小鼠视觉皮层的神经元映射到Allen鼠标通用坐标框架-小鼠皮层的3-D图。信用:艾伦研究所

艾伦大脑科学研究所已经完成了小鼠皮层的三维映射,这是艾伦小鼠通用坐标框架(CCF)的一部分:一种标准化的空间坐标系,用于比较艾伦大脑套件中大脑上多种类型的数据Atlas资源。

克里斯托夫·科赫(Christof Koch)博士说:“大脑的地图总是在二维中创建的,但是即使是一叠彼此叠置的平面地图也不一定与大脑的复杂三维特征对齐。”艾伦脑科学研究所总裁兼首席科学官。 ““通用坐标框架”是一项出色的工作,它以其真实的三个维度捕获了一个典型的鼠标大脑,并且是一个展示我们许多其他数据资源的有价值的平台。”

艾伦脑科学研究所技术高级主任Lydia Ng博士说:“在三个维度上对皮层进行注释并不是一件容易的事。 “它需要技术人员和解剖学家的密切合作,并且要花费很长时间才能生成数据。CCF可以对多种类型的数据进行定量和比较,包括基因表达,连通性,单细胞表征和功能成像。这是一个是神经科学界了解小鼠大脑结构和功能的真正独特资源。”

该视频显示了来自Allen Cell Types数据库的254个神经元,这些神经元已映射到Allen鼠标通用坐标框架中-鼠标皮质的3-D图。信用:艾伦研究所

通用坐标框架是通过仔细平均艾伦小鼠脑部连接图集的1,675个标本的解剖结构而构建的。研究人员利用转基因小鼠品系和来自病毒示踪剂的数据来绘制43个区域之间的边界 .

最终结果是在三个维度上忠实地渲染了模板大脑,该模板可作为鼠标大脑解剖结构的有用指南,以及一个用于比较许多Allen Brain Atlas资源中的数据的平台。

10月的数据发布还包括对其他一些资源的更新。于5月启动的艾伦大脑天文台(Allen Brain Observatory)进行了后端检修,可进行强大的搜索并添加30多个新数据集和其他工程鼠标。艾伦细胞类型数据库和艾伦小鼠脑部连接图集也已更新为新数据。

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