2020年9月10日

冠状病毒如何在北美和欧洲流行

一项新研究将冠状病毒样本的进化基因组学与计算机模拟的流行病和详尽的旅行记录相结合,以前所未有的细节重建了冠状病毒在世界范围内的传播。

发表在杂志上 科学,结果表明,长时间进行的密集测试和接触者追踪可能阻止了SARS-CoV-2在北美和欧洲的建立,因此错过了良机。

本文还挑战了将一月在每个大陆上已知的最早COVID-19病例与几周后发现的疫情联系起来的建议,并提供了宝贵的见解,可以为公共卫生应对提供信息,并有助于预测和预防COVID-19和其他疾病的未来爆发人畜共患疾病。

亚利桑那大学研究员迈克尔·沃罗贝(Michael Worobey)表示:“我们的愿望是开发和应用功能强大的新技术,对全球流行在时空上的发展进行权威性分析。”在美国,比利时,加拿大和英国,“以前,在各种各样的科学,社交媒体和史无前例的预印本出版物中,有许多可能性在漂浮,仍在等待同行评审。”

团队基于来自 测序工作从发现病毒后立即开始。这些努力迅速发展成为全球范围内规模和步伐前所未有的努力,并产生了数以万计的基因组序列,可在数据库中公开获得。

与广泛的叙述相反,研究人员发现,第一个有记录的从中国到美国和欧洲旅行的感染者的到达并没有滚滚而来。

研究的作者得出结论,相反,旨在追踪和遏制病毒最初入侵的迅速果断措施是成功的,应作为指导政府和公共卫生机构未来行动和政策的模型反应。

该病毒如何传入美国和欧洲

1月15日,一名中国公民从中国武汉飞抵西雅图,成为美国首位被新型新型冠状病毒感染的患者,并且首位进行SARS-CoV-2基因组测序的患者。该患者被指定为“ WA1”。直到六周后,在华盛顿州又发现了几起案件。

沃罗贝说:“尽管所有的时间都过去了,但每个人都在黑暗中,想知道'发生了什么事?'。 “我们希望我们没事,我们希望没有其他病例,然后从西雅图一项出色的社区病毒采样计划中可以清楚地看出,华盛顿有更多的病例,它们在基因上与WA1的病毒非常相似。”

Worobey和他的合作者检验了普遍的假设,表明患者WA1建立了一个传播簇,该簇在六周内未被发现。尽管2月和3月采样的基因组与WA1具有相似之处,但它们之间的差异足够大,以至于WA1的思想确立了 他们断定,这种可能性很小。研究人员的发现表明,从中国到美国的跳跃可能发生在2月1日左右。

该结果还使人们猜测,这一暴发是美国最早的大规模传播集群,可能是由于该病毒从中国散布到华盛顿州北部的加拿大不列颠哥伦比亚省,然后从加拿大传播到加拿大而间接引发的。不列颠哥伦比亚省疾病控制中心发布的美国多个SARS-CoV-2基因组似乎是在华盛顿州采样的病毒变异体的祖先,强烈暗示了加拿大这一美国流行病的起源。但是,本研究揭示了那些基因组中的测序错误,因此排除了这种情况。

取而代之的是,这项新研究隐含了美国爆发中国直接来源的消息,大约在2月初美国政府对来自中国的旅行者实施旅行禁令之时。由于爆发禁令生效后,成千上万的美国公民和签证持有人从中国前往美国,因此无法确定美国爆发“索引事件”的国籍。

类似的情况标志着冠状病毒首次进入欧洲。 1月20日,德国巴伐利亚州一家汽车供应公司的员工从中国上海飞往一次商务会议,在不知不觉中携带该病毒的情况,最终导致16名同事受到感染。研究得出结论,在这种情况下,快速测试和隔离的令人印象深刻的反应也阻止了疫情进一步扩散。与推测相反,这次德国爆发并不是意大利北部爆发的根源,该爆发最终在欧洲广泛传播,最终扩散到纽约市和美国其他地区。

这组作者还表明,从中国到意大利-美国的扩散路线在2月稍晚于造成华盛顿州爆发的中国-美国病毒传播,点燃了东海岸的传播集群。华盛顿的传播群还早于2月在加利福尼亚传播的小型传播群,使其成为北美最早的传播场所。

早期收容工程

作者说,密集的干预,包括测试,接触追踪,隔离措施和高度依从性,被感染者向卫生当局报告他们的症状并及时自我隔离,帮助德国和西雅图地区控制了疫情。一月。

沃罗贝伊说:“我们认为,这些措施导致可以成功消除最初的火花,从而阻止了进一步扩散到社区中。” “这告诉我们,在这些情况下所采取的措施是非常有效的,应作为未来应对可能升级为全球大流行病的新兴疾病的蓝图。”

为了重建大流行的蔓延状态,科学家们运行了计算机程序,仔细模拟了病毒的流行病学和进化,换句话说,SARS-CoV-2如何随时间传播和突变。

Worobey说:“这使我们能够反复地反复研究流行病的传播方式,然后对照现实中的模式检查模拟中出现的情况。”

“在华盛顿的情况下,我们可以问,'如果1月15日到达美国的WA1病人真的开始爆发该病怎么办?'好吧,如果他这样做了,并且您一遍又一遍地重新运行该流行病,然后从该流行病中对感染的患者进行采样并以这种方式发展病毒,您是否会得到一种类似于我们在现实中所见的模式?答案是否定的。”他说。

他说:“如果你将早期的意大利暴发与德国的一次暴发一起播种,你会看到进化数据中得到的模式吗?答案是肯定的。”

共同作者乔尔·韦特海姆(Joel Wertheim)说:“通过模拟重新运行SARS-CoV-2到美国和欧洲的运行,我们表明,首次记录在文件中的病毒引入这些地区不太可能导致生产性传播群的产生。”加州大学圣地亚哥分校。分子流行病学分析对于揭示SARS-CoV-2的传播模式具有不可思议的强大作用。”

然后将其他方法与虚拟流行病的数据相结合,得出异常详细和定量的结果。

共同作者马克·苏卡德(Marc Suchard)表示:“这项工作的基础是我们的新工具,它将详细的旅行历史信息和系统发育相结合,从而产生了一种“家谱”,表明从受感染个体中采集的病毒的不同基因组之间是如何相互关联的。加利福尼亚大学洛杉矶分校。

Worobey说:“我们的研究表明,如果您尽早进行早期干预和发现,它将对预防大流行和一旦大流行控制有很大的影响。” “尽管这种流行病最终消失了,但早期的胜利向我们展示了前进的方向:全面的检测和病例识别是有力的武器。”



更多信息: Michael Worobey等人,“ SARS-CoV-2在欧洲和北美的出现” 科学  2020年9月10日:eabc8169。 science.sciencemag.org/lookup/…1126 / science.abc8169
期刊信息: 科学

Provided by 亚利桑那大学
引文: 冠状病毒如何在北美和欧洲流行(2020年9月10日) 2020年10月13日检索 from //xasqxhb.com/news/2020-09-coronavirus-north-america-europe.html
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