November 22, 2017

跟踪致命“超级蛋白的旅行的新方法可以减缓他们的蔓延

杀手细菌 - 已经出现过我们最好的抗生素的细菌 - 可能不会很快消失。但是,追踪其传播的新方法最终可能会给我们一个战斗机会,以保持他们的死亡。

使用2008年的数据 一个最令人担心的“超级”和现代的遗传测序技术中的一个,一支球队已经成功建模,并预测了有机体在几十之间传播的方式 .

该方法可以讲述错误是否在医院内蔓延,养老院或长期 - 或者如果从另一个设施转移的新患者已经将其带到那里。

换句话说,如果战斗的超级般的电影就像恐怖电影一样,这种方法可以判断呼叫是否来自房屋内部,或者如果杀手潜伏在外面而且即将驳船到门外。

就像在恐怖电影中一样,快速获得答案可以指导什么样的路障和武器健康专业人士应该对抗恶棍。

此方法,发表于 科学翻译医学 ,将目前的流行病学方法与全基因组测序结合起来 - 从每个感染的患者拼出整个DNA序列。

这使得可以使用Superbug DNA的微小变化 - 这种突变的种类随着时间的推移而发生,以跟踪其在医疗保健设施之间和之间的展开。

该方法是由芝加哥·什兰大学医学中心的团队和密歇根州立大学医学院开发的,从联邦疾病控制和预防预防震中计划提供资金。该团队在鞋面中西部的2008年抗抵抗性肺炎肺炎(CRKP)的2008年爆发的数据使用。

“这些有机体渗透地区,但尚未详细理解如何发生这种情况 - 为什么它们在一个地区的野火等野火蔓延,并不在另一个地区迈进,”埃文·斯蒂金,博士学位,博士教授专业从事生物信息学和系统生物学。 “因为这是芝加哥地区的第一次爆发克朗,我们决定根据样品的患者转移和全基因组测序试图追踪其初步运动。如果我们能够理解在一个地区的传播时,我们希望是能够干预以防止进一步扩散。“

时光倒流

Rush的医院确定了该地区第二案的CRKP。医院团队在患者抵达急诊部门的急性护理医院转入印第安纳州的急诊部门后发现了爆发。

由Mary K. Hayden,M.D.,M.D.的一支由Mary K. Haydens,一名传染病医生也通过当时的最佳技术进行了急性临床微生物学,进行了对爆发的调查。他们得出结论,该虫子于2007年中期从单身患者传播,最终感染了42人,在14名急性护理医院,两个LTACH和10名护理家庭治疗。

这些设施中的患者转移 - 例如,从LTACH或护理到医院短期 然后再次返回 - 被确定为传播的主要驱动因素。单个LTACH被识别为用于传输的关键集线器。

在这种爆发中,许多患者死亡。全国范围内,CRKP的死亡率甚至更高,它往往会捕食最恶劣,最脆弱的患者。

旧样品,新分析

回到2008年, 这个许多样品不可行。

“虽然我们当时的研究员萨拉博士,萨拉博士进行了详尽的疫情调查,2008年的分子流行病学工具不允许我们确定许多案件的时间和方向,”海登说。 “我们希望将来能够提供更多辨别技术的孤立。我们在未来到达时非常兴奋!”

Rush Team将样品带到U-M的微生物系统中的测序中心,并且Snitkin的团队开始将基因组数据与Hayden的团队发现爆发有所了解。这包括在原始爆发报告前没有可用的东西:“患者零”的临床数据,CRKP对2007年中期的感染的人,以及Hayden的团队以前被确定为爆发的起源。

这允许团队创建CRKP爆发的“家族树”,回到第一个患者在行李箱上。他们将患者的传播映射到患者,并且设施到设施,基于Speuthwork Hayden的团队已经完成和新的基因组序列信息。

他们可以看到哪些案件因设施内的传输而导致的案件 - 由于允许感染的患者的细菌达到其他案件 - 并且由于患者通过已经在它们内部的细菌转移而引入的细菌。

然后,他们试图预测每个患者的CRKP感染来自爆发中已经治疗的其他患者的基因组的设施来预测哪种设施 - 并且没有患者稍后治疗的信息。

这个实时分析,类似于真正爆发中可能发生的事情,成功地确定了感染来自每位患者的设施。

“基因组序列对于寻找途径是强大的,但是有关于曝光和设施之间的运动的流行病学数据使一切都有意义,”在U-M Medical School的微生物学和免疫学和内科部门举行职位。 “我们设想我们将能够在其他生物中使用相同的方法,但效力会有所不同。”

加上海登,“这种方法在一个地区出现卓越之后,这种方法可能特别有用。我们可以介入爆发的早期涉及爆发,我们可以消除它的可能性越大。”

他补充说,密歇根州和抢购团队的补充专业知识使该项目成为可能。展望未来,团队希望在其他设置中测试方法,看看他们是否可以找到抗生素抗性细菌的开发和传播的集线器。

他们还将测试其追踪已经存在于某个地区已经存在的生物体的传播起源的方法。这可能比跟踪刚刚进入一个地区的新引入的感染更难。

Ltiachs的作用,在哪里 可能住在一个时间接受医院级别的护理等恒定通风,是他们也希望进一步探索。这种设施可能特别容易发生抗生素抗性生物的发展,仅仅是因为它们提供了一种具有弱免疫系统的脆弱和不动的群体的护理。

从长远来看,研究人员希望他们的 可以通过公共卫生机构和医疗保健设施的感染控制专家大致适应 - 并习惯于在爆发中非常早期引导干预,以防止广泛的网络传输。

要达到这一点,需要开发公共卫生疾病侦探的公共领域软件,常规使用,甚至是自动化过程。



更多信息: E.S. Snitkin El Al。“综合基因组和接口患者转移数据揭示了区域爆发中多药抗性Klebsiella肺炎的传播途径,” 科学翻译医学 (2017)。 stm.sciencemag.org/lookup/doi/…scitranslmed.aan0093.
信息信息: 科学翻译医学

Provided by 密歇根大学
引文: 跟踪致命“超级蛋白的旅行的新方法可以减缓他们的传播(2017年11月22日) 检索2021年6月11日 from //xasqxhb.com/news/2017-11-approach-tracking-deadly-superbugs.html
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