2020年3月31日

结肠癌肠道菌群测序的初步研究

由生活在肠道中的微生物组成的肠道菌群可以为我们提供有关健康的信息,因为其组成可能取决于饮食,生活方式或我们的病理状况等因素。此外,了解我们肠道中的特定细菌可以帮助预测结肠癌等疾病。基因组测序方法的新进展以及使我们能够分析数据的生物信息学工具,已帮助我们通过分析其基因组来鉴定肠中存在的数千种新微生物。

Bellvitge生物医学研究所(IDIBELL)和加泰罗尼亚肿瘤学研究所(ICO)的一组研究人员已经在该病的分析中进行了中试。 。在这项研究中,他们通过两种不同的测序方法分析了九名患者的结肠活检和粪便样本。目的是实施测序技术和生物信息学分析工具。

这是一项旨在扩大范围的项目的首次研究。在该试验测试中获得的数据将作为设计Colonbiome项目分析方法的基础。这个更广泛的项目旨在找到可用于早期发现的微生物标记物。 。为此,将从健康患者和结肠直肠癌不同阶段的患者中收集结肠活检和粪便样本。然后,将对微生物群基因组进行测序,以鉴定组之间的差异。

所有人可用的数据

在此获得的所有数据 已被纳入欧洲核苷酸档案库,这是一个公共和协作的数据库,所有类型的基因组序列都在其中共享,以使整个科学界受益。此外,首次试点测试的所有结果均已发布在 科学数据 期刊,也是公共期刊,其中序列和生物信息学 详细使用的方法。

这项研究不仅旨在为该小组的未来工作提供帮助,而且还旨在为正在进行类似分析或尝试新的生物信息学工具的所有研究小组提供帮助, 这项研究中获得的所有结果。此外,研究人员保证他们还将公开随后研究的所有细节,以继续为该领域的合作和进步做出贡献。

两种测序方法

研究中比较了两种测序方法:16s和and弹枪。第一个专注于微生物的单个基因的序列,而第二个则为我们提供了整个基因组的完整序列。尽管单个基因的测序灵敏度较低,但可能更便宜。此外,对仅存在于微生物群中的基因进行测序,使我们能够分析活检样品而不受人类基因组的干扰。此外, 测试表明这两种技术是一致的。尽管完全测序更灵敏并且可以区分更多种类的微生物,但结果与单基因测序并不矛盾。



更多信息: Joan Mas-Lloret等人,通过成对粪便和结肠样品的高覆盖16S和shot弹枪测序检测到肠道微生物组多样性, 科学数据 (2020)。 DOI:10.1038 / s41597-020-0427-5
引文: 结肠癌肠道菌群测序的初步研究(2020年3月31日) 2021年1月8日检索 from //xasqxhb.com/news/2020-03-sequencing-intestinal-microbiota-colon-cancer.html
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